Le Secrétariat est l’organe exécutif de l’ALT. Il est dirigé par le Directeur Exécutif et, est composé des quatre directions suivantes : Administration et Finance ; Pêches ; Environnement ; Suivi et Evaluation. Le Secrétariat de l’ALT est entré pleinement en fonction en janvier 2009 après le recrutement du personnel essentiel.
La première réunion ordinaire de la Conférence des Ministres, qui s’est tenue en avril 2007, est arrivé à la conclusion que les bureaux du Secrétariat de l’ALT devaient être établis à Bujumbura, Burundi, pour des raisons d’éfficacité, de disponibilité des infrastructures et d’accessibilité. Le 4 novembre 2009, l’Accord de Siège du Secrétariat de l’ALT a été signé avec le gouvernement hôte de la République du Burundi.
Le Secrétariat de l’ALT est responsable de la coordination des actions destinées à mettre en œuvre la Convention et le Programme d’Action Stratégique. Il formule les plans de travail et budgets annuels de l’Autorité et prépare les projets, évaluations et rapports. Il obtient et met à jour régulièrement les informations relatives à la mise en œuvre de la Convention et les diffuse aux Etats Contractants.
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